يقدم قسم الجغرافيا للراغبين في دراسة الماجستير مجموعة متنوعة من البرامج الأكاديمية والمسارات التخصصية، حيث يضم القسم برنامجي ماجستير، الأول: ماجستير العلوم الإنسانية والاجتماعية في الجغرافيا، ويضم 4 مسارات مختلفة وهي (مسار البيئة والموارد الطبيعية) و (مسار التنمية الإقليمية المستدامة) و (مسار الخرائط) و (مسار السكان والتنمية). والثاني: ماجستير العلوم الإنسانية والاجتماعية في نظم المعلومات الجغرافية، ويضم مسارين هما، (ماجستير العلوم الإنسانية والاجتماعية في نظم المعلومات الجغرافية بنظام الرسالة) و (ماجستير العلوم الإنسانية والاجتماعية في نظم المعلومات الجغرافية بنظام المقررات).
ويتضمن برنامج ماجستير العلوم الإنسانية والاجتماعية في الجغرافيا بمساراته الأربعة وماجستير الآداب في نظم المعلومات الجغرافية بنظامي الرسالة والمقررات عدد 4 مقررات إجبارية مشتركة يبلغ مجموع ساعاتها 12 ساعة دراسية تدرس خلال أول فصلين دراسيين. وبعد ذلك، يبدأ طالب الماجستير في التخصص في أحد المسارات المشار لها سابقاً ليدرس ما مجموعه 9 ساعة إجبارية يضاف لها 9 ساعات إختيارية وساعة لخطة البحث وساعة للرسالة (باستثناء برنامج المقررات) ليبلغ مجموع عدد ساعات برامج الماجستير بنظام الرسالة 32 ساعة دراسية، مقابل 42 ساعة دراسية لبرنامج ماجستير العلوم الإنسانية والاجتماعية في نظم المعلومات الجغرافية بنظام المقررات، وتدرس جميع برامج الماجستير خلال سنتين دراسيتين كاملتين.
